Las aguas termales eran muy apreciadas en Europa y formaban parte en el tratamiento para la cura de enfermedades.
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A comienzos del S.XVII, con la llegada de las misiones de La Compañía de Jesús, el gobierno concede a la Compañía y a las comunidades religiosas de San Francisco y Santo Domingo, que ya habían instalado sus doctrinas, la autorización para establecer misiones en algunas zonas del nuevo reino. Las misiones cubrieron importantes franjas del territorio nacional, y se conformaron entonces extensas y prósperas haciendas bajo la administración de comunidades religiosas, entre ellas las instauradas en la zona del Tequendama y del Gualivá.
El territorio de Agua de Dios, en la colonia, formo parte de una hacienda de mayor extensión, que persistió hasta el decreto de desamortización de Bienes de Manos muertas en 1861, del presidente Tomás Cipriano de Mosquera; y la extensa propiedad, al igual que otras pertenecientes también a comunidades religiosas, son sacadas a remate, algunas fraccionadas en terrenos de menor extensión y adquiridas por particulares. (Téngase en cuenta que no obstante ser fraccionadas, dichas fracciones contenían territorios geográficos mayores a los pueblos que de estas surgieron)
En 1869, el gobierno de Cundinamarca aprueba la compra de terrenos para la fundación de un Lazareto a cargo del estado. Los terrenos adquiridos para tal fin, fueron las haciendas de Agua de Dios, Los Chorros, Ibañez y una franja de la Hacienda Malachi, segregadas de Tocaima, Ricaurte y El Nilo. (La hacienda de Agua de Dios, había sido adquirida años atrás por don Manuel Murillo Toro).
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En 1890 El gobierno efectúa un convenio con la comunidad salesiana para que se encargue de la administración y dirección del Hospital Lazareto de Agua de Dios. En Agua de Dios, vivieron personajes como el Maestro Luis A. Calvo y el Poeta Adolfo León Gómez, descendiente del prócer José Acevedo y Gómez, “El Tribuno del Pueblo” .
En Noviembre de 1963, Agua de Dios es integrado con categoría de Municipio a la división política nacional; integra la provincia del Alto Magdalena, junto con los municipios de Girardot, Guataquí, Jerusalén, Nariño, Nilo, Ricaurte y Tocaima.